半个世纪以来，周先生在坚持“自传说”方面有一个否定之否定的过程。他在1953年出版的《红楼梦新证》里说：“现在这一部考证，惟一的目的即在以科学的方法运用历史材料证明写实自传说之不误。”因此，他把曹家和贾府合二为一，说“曹雪芹是先娶薛宝钗，后娶史湘云”；说“贾母因提到死去的丈夫曹寅而落泪”；后来“惟一的儿子曹颙病死”，“曹钤诙此晟媳还谈帜浮薄?
1954年批评俞平伯运动之始，周汝昌作了一个检查，说：“我在《红楼梦新证》一书中，处处以小说中人物与曹家世系比附，说小说中日期与作者生活实际相合，说小说是‘精裁细剪的生活实录’，”“受胡、俞二人的方法影响很深，”以致“成为胡、俞二人的俘虏”，“导引读者加深对《红楼梦》的错误认识”，从此就放弃了“自传说”。在1976年4月增订本《红楼梦新证》中，周先生把“写实自传说”全部删光了。他在该书的《重排后记》中说：过去“全书存在的中心问题是主张‘自传说’，全部各章各节，都从这个错误观点出发，拱卫着它，简直成了一个‘体系’”。他还说：“比附真人真事，其效果还可能影响一些初学创作的人，忽略马克思主义文艺理论的重要原则，即典型化与能动反映论。那将不利于现代创作的提高和发展。……批判了这些自传谬说，才能正确深刻地认识《红楼梦》的意义，也才能正确深入地研究曹雪芹的艺术特点特色。”周先生的这种自我批评显然是受到当时政治的影响，并不是出自肺腑之言，而是违心之论。
改革开放以后，他的论著中逐渐全面恢复了旧版《红楼梦新证》的观点，在《红楼梦与中华文化》中说：曹雪芹在《红楼梦》中“正写的是他曹门的‘家史’”，“表明了我对‘自传说’的认识较之早年更为明晰不疑”。八十年代以后，周汝昌先生开始为“自传说”研究进行理论上的建构，提出红学的四个分支：曹学、脂评学、版本学和探佚学，走入一个更加偏执的学术状态之中，固执己见。他的观点越是不被大多数学者接受，他越是独立不移；他的提法越是受到红学家的广泛的批评，他越是独行而进。此时，能够和他的观点同声相应的，只有像刘心武先生这样的寥寥数人而已。
（二）创建“四学”，在《红楼梦》文本之外寻找“真故事”
周汝昌先生在八十年代之前，受到当时意识形态的控制，他于“自传说”，是“犹抱琵琶半遮面”，其实内心却顽强地固守着。一旦政治空气松动，他便接连爆出一个个令人瞠目结舌的结论，尽管红学界的大多数人摇头置疑，但难在无从下手。当批评者还在尴尬之时，一些索隐啊，探佚啊，纷纷而出，为了所谓红学的“普及”。自然周汝昌的著作以其盛名，更胜一筹。这个现象说明什么？周汝昌倡导红学四个分支，不是单纯的理论建构，而是将四者的界限打破，融会贯通。无论谈论哪一个问题，即使小到一个词语的解说，都在“四学”中游刃有余，俯身拾取，犹如探囊取物，……直指所谓《红楼梦》的真故事。诚如周先生在《红楼真梦